【 事実 】

Google Chrome は、組み込みの PDF ビューアを持っている。

【 気づき 】

Google Chrome は、組み込みの PDF ビューアを無効にしている場合、Adobe Acrobat もしくは Adobe Reader を使用して PDF を表示している。

【 教訓 】

Google Chrome の PDF トラブルは、Google Chrome と Adobe Acrobat もしくは Adobe Reader の両方を確認、片方のみで設定する必要がある。

【 情報 】

Adobe PDF プラグイン – Chrome ヘルプ

Acrobat ヘルプ | PDF をブラウザーで表示 | Acrobat、Reader XI

【 追記:2015/05/12 】

Google Chrome と Adobe Acrobat Reader DC で不具合が発生することがあるようです。

引用元:Adobe Reader がアップデートされません – Google プロダクト フォーラム

Adobe Reader Ⅺ から、Adobe Acrobat Reader DC にアップデートしたところ、Chromeのプラグインがアップデートされません。
PDFファイルを開くとポップアップで警告が表示され、最新版のPDFリーダーでの表示ができなくなっています。

Adobe Reader プラグインが採用している「NPAPI」は、Chrome でのサポートがまもなく終了するので、Adobe 社が対応するまで Adobe Reader プラグインは利用できなくなりますので注意ししてください。

現在のところ(2015/05/12)、このような不具合が生じた場合は、「Chrome PDF Viewer を有効」にして、組み込みの PDF ビューアを使用したほうが良いと思います。